借款合同纠纷案件的管辖的处理：
1、依照法定管辖地点，由被告住所地或者合同履行地对案件进行管辖；
2、当事人也可以选择约定管辖，书面协议选择被与争议有实际联系的地点的人民管辖。
一、保证合同的管辖怎么确定
保证合同的管辖的确定：当事人可以约定与合同有联系的地点的管辖;当事人没有约定的，以被告住所地或者合同履行地管辖。合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
二、合同协议约定约定甲方所在地
合同的当事人可以选择管辖，就是法律规定的协议管辖。所谓协议管辖，又称约定管辖，是指双方当事人在纠纷发生之前或之后，以合意方式约定解决他们之间纠纷的管辖。协议管辖必须符合几个条件：1、当事人协议管辖的案件只能是一审的合同案件;2、当事人协议管辖的只限于被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖;3、必须以书面合同形式约定;4、当事人选择的是确定的、单一的;5、不得违犯级别管辖和专属管辖的规定。
三、合同实际履行地有管辖权吗
合同实际履行地有管辖权，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。当事人没有约定管辖的，通常由被告住所地或者合同履行地人民管辖。
【本文关联的相关法律依据】
《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民管辖。
第三十四条
合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
